Ash, Pikachu und ihre Freunde Rocko und Misty reisen in die Weltwasserhauptstadt Altomare, wo sie den Pokémon-Geschwistern Latias und Latios – den Hütern eines Kristalls mit magischen Kräften – begegnen. Hinterlistige Diebe sind hinter dem Kristall her, der in den falschen Händen den Untergang der Stadt bedeuten würde.

In dem bereits fünften Spielfilm der Pokémon-Reihe müssen Ash, Pikachu und der Rest der Bande gegen neue böse Widersacher kämpfen. Action, Spannung und Spaß sind dabei garantiert!